หน่วยงานของรัฐมีหน้าที่ต้องปฏิบัติงานตามนโยบายของรัฐบาล และมีหน้าที่ความรับผิดชอบตามโครงสร้างของส่วนราชการนั้น ๆ ซึ่งได้รับการสนับสนุนงบประมาณแผ่นดินจากรัฐบาล เพื่อใช้ในการดำเนินงาน ในการปฏิบัติงานต้องปฏิบัติตามระเบียบ ข้อบังคับของส่วนราชการ เพื่อให้การบริหารงานเกิดประสิทธิภาพและประสิทธิผล ผู้บริหารจำเป็นต้องมีเครื่องมือช่วยในการตรวจสอบการปฏิบัติงาน จึงทำให้ส่วนราชการมีความจำเป็นที่จะต้องมีหน่วยตรวจสอบภายใน ต่อมาได้มีมติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 17 สิงหาคม 2519 ตามหนังสือแจ้งของสำนักงานเลขาธิการการคณะรัฐมนตรี ที่ สร 0201/ว 78 ลงวันที่ 19 สิงหาคม 2519 เรื่อง การแต่งตั้งผู้ตรวจสอบภายในส่วนราชการ โดยให้ส่วนราชการจัดตั้งหน่วยตรวจสอบภายในขึ้น มอบหมายให้สำนักงานคณะกรรมการข้าราชการพลเรือนเป็นผู้พิจารณากำหนดตำแหน่ง และให้กรมบัญชีกลาง กระทรวงการคลัง เป็นผู้รับผิดชอบ ในการกำกับดูแล และปรับปรุงมาตรฐานการตรวจสอบภายใน เพื่อใช้ในการปฏิบัติงานวิชาชีพการตรวจสอบภายใน กระทรวงการคลังได้กำหนดระเบียบกระทรวงการคลังว่าด้วยการตรวจสอบภายในของส่วนราชการขึ้น เพื่อกำหนดหน้าที่ความรับผิดชอบของผู้ตรวจสอบภายใน

      มหาวิทยาลัยราชภัฏสวนสุนันทา เดิมเป็นสถาบันราชภัฏ อยู่ภายใต้การกำกับดูแลของสำนักงานสภาสถาบันราชภัฏ ซึ่งจะมีผู้ตรวจสอบภายในมาเป็นผู้ตรวจสอบการใช้จ่ายเงินและให้คำแนะนำแก่สถาบันราขภัฏ และเมื่อวันที่ 15 มิถุนายน 2547 มีพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยราชภัฏ พ.ศ. 2547 กำหนดให้จัดตั้งมหาวิทยาลัยราชภัฏแทนสถาบันราชภัฏ มหาวิทยาลัยราชภัฏสวนสุนันทาเป็นส่วนราชการที่มีฐานะเป็นนิติบุคคล

      ในปีงบประมาณ พ.ศ. 2549 มหาวิทยาลัยราชภัฏสวนสุนันทาได้จัดตั้งหน่วยตรวจสอบภายในเพื่อทำหน้าที่ตรวจสอบการปฏิบัติงาน และการดำเนินงาน ด้านต่าง ๆ ให้สอดคล้องกับนโยบาย กฎหมาย ระเบียบ ข้อบังคับ คำสั่ง และมติคณะรัฐมนตรีที่เกี่ยวข้องพร้อมทั้งให้คำแนะนำ ปรึกษาแก่ผู้เกี่ยวข้อง ตามระเบียบกระทรวงการคลังว่าด้วยการตรวจสอบภายในของส่วนราชการ

      ในปีงบประมาณ พ.ศ. 2558 มหาวิทยาลัยได้เล็งเห็นถึงความสำคัญในการปฏิรูปการบริหารจัดการทรัพยากรบุคคลให้มีความสอดคล้องกับภารกิจในปัจจุบัน โดยการจัดตั้งคณะกรรมการปฏิรูประบบการบริหารงานบุคคล เพื่อกำหนดโครงสร้างตามภาระหน้าที่ความรับผิดขอบ ทำการวิเคราะห์ภาระงาน เพื่อกำหนดตำแหน่งให้สอดคล้องกับพันธกิจ เพื่อกำหนดเป็นกรอบอัตรากำลังของหน่วยงาน เพื่อให้เกิดความชัดเจน และมีความเสมอภาคในการปฏิบัติงานของบุคลากรทุกหน่วยงานและเป็นมาตรฐานในการจัดทำกรอบอัตรากำลังของหน่วยงานต่อไปในอนาคต หน่วยตรวจสอบภายใน ได้มีการทบทวนโครงสร้างการแบ่งส่วนงานภายในตามนโยบายของมหาวิทยาลัย 

      หน่วยตรวจสอบภายใน มหาวิทยาลัยราชภัฏสวนสุนันทา เป็นหน่วยงานราชการที่มีฐานะขึ้นตรงต่ออธิการบดี